L'opération conçue au départ, sous le seul angle sanitaire a profondément évolué et présente aujourd'hui toutes les caractéristiques habituelles d'une opération de restructuration « lourde ».
Il s'agit néanmoins d'une opération exceptionnelle en raison de son ampleur dans la mesure où elle se déroule sur 13 hectares, subit des contraintes spécifiques notamment liées au maintien en activité du campus pendant le déroulement des travaux.
L'opération de Jussieu s'apparente à une opération d'aménagement comportant plusieurs projets d'architecture, sur le périmètre d'un campus rassemblant une population de plus de 20 000 personnes.
Indépendamment du relogement définitif de l'université Paris Diderot sur la ZAC Paris Rive Gauche, près de 122 000 m2 de locaux tiroirs ont été créés ou aménagés, hors site et sur site, dont deux bâtiments définitifs (Esclangon et Atrium). Ces transferts et relogements ont permis une libération significative du site par le départ de laboratoires très lourds et de la majeure partie des services administratifs (les enseignements étant restés sur place).
Le secteur 1 du « gril » d'Albert, représentant près de 45 000 m2 SHON, a été désamianté, rénové et réoccupé en 2003 Le secteur Ouest du « gril » d'Albert et la tour centrale ont été libérés et désamiantés. Ainsi au total, les 2/3 du campus sont désamiantés au 1er janvier 2009. Le transfert définitif de l'université Paris Diderot sur la ZAC Paris Rive Gauche a débuté en 2007 et s'achèvera début 2009. Deux nouveaux bâtiments ont été construits sur le campus : le bâtiment Esclangon livré en 2002 et le bâtiment Atrium livré en 2006, totalisant ensemble 25 500 m² SHON. 32 logements en pignon des rotondes 12,22 et 32 à destination des chercheurs invités et personnels d'astreinte de l'université Pierre et Marie Curie ont été livrés en janvier 2007. Les marchés de travaux relatifs au désamiantage du secteur 5, à la réhabilitation des secteurs Ouest/Nord et Ouest/Sud, à la réhabilitation de la Tour Centrale et à la reconstruction de l'IPGP et de la BSU sur l'îlot Cuvier, ont été attribués, et les travaux correspondants sont en cours en 2009. Un schéma d'occupation des surfaces existants du campus a pu être élaboré et devrait être prochainement stabilisé (incluant potentiellement des entités de Paris III Sorbonne Nouvelle et de l'Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris). Les marchés de maîtrise d'oeuvre relatifs au désamiantage (secteurs 4.4, 6 et 7) et à la réhabilitation (secteur Ouest Centre et secteur Est) des derniers secteurs du "gril" ont tous été attribués et les études correspondantes sont en cours en 2009.