La première étape du chantier de Jussieu a consisté à libérer une première partie des locaux de ses occupants pour effectuer les premiers travaux de désamiantage. L'EPA Jussieu depuis procède à de nombreux transferts pour continuer à libérer les locaux encore amiantés. A cet effet, sont effectués des transferts vers des relogements provisoires (sur site et hors site) , mais également vers des relogements définitifs sur site (constructions neuves : bâtiments Esclangon et Atrium et locaux réhabilités ou rénovés : secteur 1, secteur Ouest, Tour centrale, barres de Cassan...)
L'ensemble de ces transferts représente, à ce jour, près de 401 983 m² shon de locaux. Un plan de démarrage, arrêté en réunion interministérielle le 19 janvier 1998, a mis en évidence la nécessité de disposer de locaux de relogement pour accueillir provisoirement les utilisateurs et le matériel quittant les espaces à désamianter. Les activités d'enseignement ont donc rejoint des bâtiments provisoires ou définitifs construits dans les espaces encore libres du campus puis les surfaces réhabilités et mises en sécurité après désamiantage. Ainsi les étudiants de premiers cycles restent sur le site de Jussieu ainsi que leurs secrétariats pédagogiques et leurs bibliothèques. Les laboratoires de recherche ont, quant à eux, déménagé dans des bâtiments loués par l'EPA Jussieu au fur et à mesure de l'avancement des travaux avant de revenir sur le campus au rythme des réhabilitations. Les déménagements provisoires ou définitifs hors du campus incluent l'environnement de travail des chercheurs (moyens informatiques, bibliothèques de recherche...).
Les locaux tiroirs « 1ère vague » représentent 55 390 m² shon.
L'objectif de cette première vague de relogement était de vider le secteur 1 et une partie du secteur Ouest
Au total, les locaux tiroirs de « 1ère vague » sur le site de Jussieu représentent 21 200 m² shon.
Les bâtiments provisoires : 11 700 m² shon depuis 1998
Un bâtiment définitif : Esclangon, avril 2002, 9 500 m² shon
 
Entre 1998 et 2001, différents locaux relogent des activités de recherche et administratives hors du campus. Ils représentent une surface de 34 190 m² shon.
Les opérations de transferts de « 2ème vague » pour l'accélération du chantier représentent 106 230 m² shon.
L'objectif de cette deuxième vague de relogement était de vider la tour centrale, une partie du secteur Ouest et de l'Ilot Cuvier.
Au total, les locaux tiroirs de « 2ème vague » sur le site de Jussieu représentent 20 350 m² shon. Il faut ajouter à ces surfaces, au titre des transferts, les surfaces du secteur 1 rénové qui ont permis de libérer une partie du secteur ouest (45 000 m² shon)
Les bâtiments provisoires : en 2003, s'ajoutent le bâtiment S (1 700 m² shon) et celui situé sous le bâtiment A (1 100 m² shon). En mai 2004, un préfabriqué est construit sur la dalle à l'entrée du campus pour accueillir : le Bureau d'Information des Universités, la scolarité de Paris 6 et le Bureau d'Information de l'EPA Jussieu. (800 m² shon)
Un bâtiment définitif :en juin 2006 est livré un bâtiment pédagogique de 16 750 m² shon baptisé Atrium.
 
Les locaux tiroirs de « 2ème vague » loués à l'extérieur du campus de Jussieu représentent 40 880 m² shon.
Voltaire (4 500 m²)
RFF (4 300 m²)
Ivry (13 200 m²)
Boucicaut (18 880 m²)
Les opérations de transfert de la « 3ème vague» représentent 84 411 m² shon.
Au total, les locaux de « 3ème vague » pour des relogements sur le site de Jussieu représentent 3 484 m² shon.
De nombreux relogements ont été nécessaires pour libérer le site de l'Ilot Cuvier qui sera reconstruit pour accueillir l'IPGP et le BSU. Ces micro-opérations ont représenté plus de 1000 m² shon de surfaces réaménagées dans les barres de Cassan , le Gril d'Albert et l'Ilot Guy de la Brosse. En outre, la livraison de 3 plots de logements neufs au nord du secteur Ouest en janvier 2007 a permis de relocaliser des logements de fonction et de passage pour l'UPMC. (2 484 m² shon) situés auparavant sur l'Ilot Cuvier.
Les locaux tiroirs et les opérations de relogement de « 3ème vague » à l'extérieur du campus de Jussieu représentent 80 927 m² shon.
Une première phase de bâtiments a été livrée en 2007 sur la ZAC PRG pour l'université Paris-Diderot (Maîtrise d'ouvrage Rectorat, Mandataire : EMOC) permettant un premier relogement définitif d'entités de cette université:
Bâtiment Condorcet (M3C)- Physique : 19 912 m² shon
Grands Moulins- Bibliothèque et administration : 29 866 m² shon
Halles aux Farines- Enseignement : 18 000 m² shon
Cette première phase de relogement définitif a permis de mettre fin au bail du bâtiment RFF où était relogé la présidence de l'université Paris-Diderot.
En revanche, il a été nécessaire de prendre à bail deux hôtels industriels situés dans la ZAC PRG : Biopark et Berlier (5 580 m² shon) pour reloger provisoirement des entités de l'université Paris-Diderot encore présentes sur le campus de Jussieu. Leur relogement définitif n'interviendra, en effet, qu'en 2012 après la livraison d'une dernière tranche de la ZAC PRG réalisée en Partenariat Public Privé.
Le laboratoire ITODYS de l'université Paris-Diderot a été provisoirement relogé, en 2007, dans le bâtiment Condorcet (M3C) et l'Ilot Guy de la Brosse pour libérer l'Ilot Cuvier, avant de rejoindre définitivement en 2008 le bâtiment Lavoisier (M5B) sur la ZAC PRG.
Enfin, un nouveau bâtiment a été pris à bail en 2006 (Quai Kennedy : 7 569 m² shon)pour héberger les informaticiens de l'UPMC en remplacement des locaux du CEA à Boucicaut qui ont été vendus.
L'objectif de cette quatrième vague de transferts est de vider définitivement le Gril d'Albert (secteur Est et deuxième tranche du secteur Ouest) et préparer ainsi la fin du désamiantage.
Les opérations de transfert de la « 4ème vague» représentent 155 952 m² shon.
En 2008, la deuxième phase de la 1ère tranche du relogement définitif de l'université Paris-Diderot sur la ZAC PRG a été livrée :
Bâtiment Buffon (M3F)- Biologie : 19 982 m² shon
Bâtiment Lamarck (M3I)- Chimie et biologie : 11 000 m² shon (Mandataire : SEMAPA)
Bâtiment Lavoisier (M5B)- Chimie : 9 670 m² shon (Mandataire : SEMAPA)
Des difficultés dans la réalisation des équipements scientifiques du bâtiment Buffon (M3F) ont retardé son emménagement au 1er semestre 2009. Ce bâtiment accueille les biologistes de l'université Paris-Diderot et principalement l'Institut Jacques Monod.
Ce départ définitif de l'université Paris-Diderot du campus de Jussieu a été pour les universités l'occasion d'une recomposition de leurs équipes, et plus particulièrement dans le domaine de la biologie. Est apparu nécessaire le relogement sur le site de Jussieu (dans les barres de Cassan A-B-C, environ 1 000 m² de surfaces) d'équipes de l'Institut Jacques Monod S'ajoute à ce relogement dans Cassan A-B-C celui des végétalistes de l'UPMC (environ 2 500 m²) qui quittent le site d'Ivry destiné à accueillir une partie de la chimie de l'UPMC (environ 3 700 m²). Le laboratoire du LISIF quitte aussi le site d'Ivry pour rejoindre le secteur 1 (environ 1 200 m²). Le reste de la chimie de l'UPMC est relogé sur site dans la barre de Cassan F et au Collége de France (environ 2 500 m²).
Pour achever la libération du secteur Est, il est apparu nécessaire, en outre, de réaliser sur site deux nouvelles opérations :
1. La construction en conception/réalisation d'un bâtiment : le bâtiment K provisoire de 2 700 m² shon pour accueillir une bibliothèque de recherche et des services pédagogiques de l'UPMC.
2. Le réaménagement d'un amphithéâtre pour les services de santé de l'UPMC (environ 500 m²).
Le bâtiment N1 qui occupait le patio 42/53 a du être démoli pour accueillir les zones de chantier liées au désamiantage et la base vie de l'EPA Jussieu qui a ainsi été déplacée pour permettre la construction du bâtiment K. La libération du bâtiment N1 a conduit à reloger une bibliothèque de biologie-enseignement de l'UPMC dans le bâtiment 31-41 (environ 500 m²), et les enseignements de langues de l'UPMC dans le bâtiment S (environ 500m²).
La livraison de la tour centrale en 2009 participe à la libération du secteur Est et permettra de mettre fin au bail du bâtiment Voltaire (11 000 m² shon)
La libération définitive du secteur Ouest sera réalisée en 2010 grâce à :
La livraison de la 1ère tranche du secteur ouest, qui participe aussi à la libération définitive du secteur Est.
La libération définitive du secteur Ouest sera réalisée en 2010 grâce à :
La livraison du bâtiment reconstruit sur l'Ilot Cuvier pour l'IPGP et la BSU
L'emménagement de la première tranche du secteur Ouest permettra ainsi la libération des sites extérieurs de Boucicaut et Kennedy, ainsi que d'une partie du site de Chevaleret où resteront encore les mathématiciens et les informaticiens de l'université Paris-Diderot.
Les transferts hors site représentent 45 052 m²
Ivry- chimie UPMC 3 700 m²
Collège de France et ENS- Chimie UPMC 700 m ²
Transferts de l'université Paris-Diderot vers les bâtiments :
Buffon 19 982 m² shon
Lamarck : 11 000 m² shon
Lavoisier : 9 670 m² shon
Les transferts sur site représentent 110 900 m²
Cassan A-B-C : 3 500 m²
Cassan F : 2 500 m²
Bâtiment K : 2 700 m²
Bâtiment 31-41 : 500 m²
Bâtiment S : 500 m²
Secteur 1 : 1 200 m²
Tour centrale : 11 000 m² shon
Transferts de l'UPMC vers le secteur Ouest : 73 000 m² shon
Transfert de l'IPGP vers L'Ilot Cuvier : 16 000 m² shon
L'ensemble des relogements de la 4ème vague représente environ 155 952 m². Ne sont pas prise en compte la multiplicité de relogements temporaires et diffus effectués sur le campus conditionnées par les calendriers de mise à disposition des barres pour le désamiantage. On peut citer en particulier le relogement en barre 34/44 des services administratifs de l'UPMC représentant une surface d'environ 2 500 m².
| Total transferts | Locaux tiroirs hors site UPMC- Paris-Diderot | Relogements sur site | Locaux définitifs neufs Paris-Diderot | Locaux rénovés ou neufs UPMC | Locaux définitifs neufs IPGP | |
| 1ère vague | 55 390 | 34 190 | 11 700 | 9 500 | ||
| 2ème vague | 106 230 | 40 880 | 3 600 | 16 750 (neuf) 45 000 (rénové) |
||
| 3ème vague | 84 411 | 13 149 | 1 000 | 67 778 | 2 484 | |
| 4ème vague | 155 952 | 4 400 | 10 900 | 40 652 | 84 000 | 16 000 |
| TOTAL | 401 983 | 92 619 | 27 200 | 108 430 | 157 734 | 16 000 |