Bien que structuré pour conduire une grosse opération, dès le début l'EPA Jussieu a été confronté à la nécessité de réaliser une multitude de micro-opérations et a dû s'organiser pour conduire de nombreux petits travaux et des déménagements multiples. En 2005 et 2006, par exemple, ces interventions ont concerné plus de 20 000 m².
Structuré pour conduire une opération complexe de grande ampleur, l'EPA Jussieu doit néanmoins coordonner de multiples opérations d'échelles diverses au sein même du campus comme à l'extérieur. Certes, les effectifs de l'EPA ont accompagné la montée en charge de l'activité mais un décalage permanent est inévitable dans un tel contexte.