Soumis à des dispositifs de contrôle très rigoureux, l'EPA Jussieu doit exercer ses missions avec la plus grande transparence et le plus grand professionnalisme dans tous les domaines et notamment en terme budgétaire.
La complexité du processus de prise de décision, passant le plus souvent par des arbitrages interministériels, génère des délais importants.
De même :
« Les incertitudes sur la date effective du départ de l'université Paris Diderot et la lenteur du processus aboutissant à son transfert ont conduit à élaborer et remettre en cause plusieurs scénarios de déménagement qui se sont ajoutés à la complexité du déroulement de l'ensemble du programme. Les incidences financières de ces reports sont lourdes car tout retard dans la mise à disposition des locaux définitifs oblige à louer des locaux tampons supplémentaires. » *
Dans ce contexte, prévoir et respecter des enveloppes budgétaires s'est révélé être un exercice purement formel.
* Rapport de la cour des comptes décembre 2004.