Pour les besoins des travaux (désamiantage puis réhabilitation), les locaux à traiter doivent être au préalable vidés de leurs occupants. Cette étape essentielle s'avère complexe à réaliser puisque l'EPA Jussieu n'est pas maître de la libération de ces locaux.
En 1998 : 40 000 m² avaient été prévus dans la ZAC Paris Rive Gauche pour le relogement définitif de l'université Paris Diderot. En 2001 : la décision a été prise de délocaliser la totalité de cette université, en revanche, seulement 110 000 m2 ont été programmés, alors que les besoins ont été évalués à 155 000 m2. Ce n'est qu'en 2006 qu'une deuxième décision a été adoptée afin de réaliser le solde soit 40 000 m2 par le biais d'un contrat de partenariat. Malheureusement la réalisation d'une telle construction nécessite entre 5 et 6 ans.
Sans attendre la dernière réalisation, des solutions provisoires ont dû être imaginées pour permettre le relogement de l'université Paris Diderot, autorisant ainsi la libération et le traitement de la majeure partie des locaux du campus de Jussieu encore amiantés.
Parallèlement, en 2001, fut prise la décision de réinstaller l'Institut de Physique du Globe de Paris au sein de l'îlot Cuvier, ce dernier devant être libéré de ses occupants, au terme d'une succession de nombreuses opérations de relogements.
« Si la création de l'établissement public a constitué un incontestable progrès pour la conduite de l'opération, elle n'a pas permis d'assurer dans toute sa plénitude l'indispensable unité de la maîtrise d'ouvrage. L'action de l'EPCJ est restée dépendante, pour la rénovation du campus, de décisions qui lui échappaient largement. »
Ce fut notamment le cas pour les locaux occupés par l'université Paris Diderot qui, dans un premier temps, a pu envisager très librement un programme de recomposition de ses diverses entités indépendamment des priorités de libération du site de Jussieu.
Rapport de la cour des comptes décembre 2004.