Au-delà du cadre institutionnel et réglementaire, l'organisation de l'EPA Jussieu doit être constamment adaptée pour faire face aux enjeux d'une opération globale protéiforme se déclinant en micro-opérations et projets liés entre eux à différents degrés. Il en découle que l'organisation de l'établissement et la conduite de projet présentent des spécificités uniques, devant combiner les fondamentaux du métier de maître d'ouvrage avec des contraintes de déroulement atypiques.

De ce fait, une organisation classique en équipes projet traitant un secteur ou un bâtiment depuis la libération jusqu'à la réhabilitation, et de la programmation jusqu'au transfert ne s'avère pas possible. Le principe retenu pour la définition des périmètres de projets et d'opérations a été en priorité celui des séquences libération/désamiantage/réhabilitation en relation avec un découpage géographique cohérent à chacune de ces séquences.

Bien qu'autonome financièrement, l'Etablissement Public du Campus de Jussieu est soumis à un triple contrôle. Tout d'abord à celui de son conseil d'administration où siègent les universités présentes sur le campus. Ensuite, tous les actes financiers de l'Etablissement Public sont soumis au visa « a priori » du Contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre du Budget. Enfin, l'Etablissement Public est assujetti au Code des marchés publics dans les mêmes conditions que les services de l'Etat.

Comme dans tous les établissements publics, un agent comptable séparé de l'ordonnateur exécute les opérations comptables. M. Jean-Gilles Hoarau, également agent comptable de l'Université Paris Diderot, assure cette fonction.